Operación Comete es una película cuyo argumento se desarrolla en un contexto bastante complejo. La segunda Guerra mundial tiene lugar, aunque no es el ambiente principal del filme. Irene Solaguren es la esposa de u médico llamado Manuale Larralde. Ambos tienen un hijo llamado Juan Larralde quien tendrá un papel decisivo para la película. Todo se desarrolla en los Pirineos, un lugar cercano a la frontera con Francia. Ellos son tentados para participar de una organización clandestina que se desarrolla en los Pirineos. La misma se denomina Red Comete y tiene como fin la ayuda para que los pilotos británicos caídos puedan recuperarse y volver a Inglaterra.
Como Irene viene de una familia republicana, tiene muchas dudas sobre colaborar o no, por lo que se reúne con el jefe del grupo ilegal, Dedéé de Jongh. A partir de allí la familia Larralde será protagonista de una serie de sucesos bastante controversiales, que tendrán que ver con algunos detalles particulares. Por un lado lo referido a todo lo de la Red Cometee, y por otro unos conflictos graves que pondrán a Irene y su familia al borde da la muerte.
Sin embargo los verdaderos conflictos de esta familia son los que tendrá como protagonista a su propio hijo, Juan, quien se mete en un pleito con otro joven nativo del suroeste de Francia llamado Bernard, que trabajaba para la resistencia francesa. En principio creen que es un tema político pero luego se dan cuenta que los jóvenes se enfrentaron por una mujer. Sin embargo no es solo eso, sino que entre estos dos muchachos hay otros intereses y misterios, de los cuales una única persona tiene conocimientos. Las dos historias se mezclan y consiguen un final verdaderamente inesperado.
